I forvaltning af både skovene og den lysåbne natur, er Naturstyrelsen meget opmærksomme på naturværdierne, og der tager mange hensyn for at bevare disse, og for at minimere eventuelle skader på bevoksninger, stier og skovveje.
Stenbjerg Klitplantage har mange lave og fugtige områder, hvor perioder med pludselig og meget nedbør, har givet udfordringer med mudder og delvis ødelagte skovveje. Når skovningsaktiviteten er færdig, vil disse skader på veje, stisystemer og i nogle tilfælde køresporene i skovbunde blive udbedret. Erfaring siger, at skaderne ofte er betydelig mindre end de ser ud til.
I forbindelse med skovningsaktiviteterne tages der vidtgående hensyn til biodiversiteten og således. efterlades der bl.a. ”højstubbe”, samt væltede, døende og døde træer til ”naturlig henfald”, til gavn for dyr, fugle, insekter, svampe, laver m.v.
Skovningerne bestræbes udført med ca. 5 års mellemrum, så naturen, herunder fugle, men også vejnet og stisystemer ikke årligt skal udsættes for forstyrrelser og eventuelle skader.
I Naturstyrelsen er alle registreringer af sjældne arter samlet i et PasPå-kort, herunder også observerede rovfuglereder. PasPå-kortet er med til at sikre, at skovningsaktiviteterne ikke påvirker disse sjældne arter negativt.
Naturstyrelsen Thy er opmærksomme på, at skovningsaktiviteterne i Stenbjerg Klitplantage nogle steder er meget tydelige lige nu og vil være det lidt tid endnu. Men det relative tørre forår har gjort, at man de fleste steder allerede nu kan færdes nogenlunde ”tørskoet”.