Dyr
Kystlandskabet på Sydamager har stor betydning for ynglende, trækkende og rastende fugle.
Vigtig fuglelokalitet
I Dansk Ornitologisk Forenings Landsdækkende registrering af fuglelokaliteter findes der tre lokaliteter, der dækker området, som hører under fredningen af kystområdet på Sydamager. De tre lokaliteter er Dragør Sydstrand, Aflandshage og Kongelundsstranden. Kystområdet er af international betydning for blandt andet troldand og betydningsfuldt for knopsvane, pibesvane, stor skallesluger og lille skallesluger. Kongelundsstranden karakteriseres som en særdeles vigtig yngle- og rastelokalitet for ande- og vadefugle.
Spot en sæl
Saltholm er tilholdssted for større bestand af spættede sæler, der ynder at tage på udflugt til Dragør Sydstrand. Derfor kan man indimellem spotte den spættede sæl, der ligger og hviler sig.
Planter
Området er en sjælden perle i Københavnsområdet og består af en enestående og varieret natur, hvor sandstrande, revler, strandvolde, strandenge og salte laguner er afgrænset fra havet af mindre klitdannelser.
Strandengen er skabt af sandaflejringer, der med tiden er groet til med rørsump og græsser. Kystprocesserne rykker til stadighed grænsen mellem land og vand og fører til opbygning og nedbrydning af strandøer, strandvolde og laguner.
Det hænder, at strandengen oversvømmes, da havet omkring Sydamager er meget lavvandet. Det betyder, at det kun er de salttålende planter, der overlever. Dette indbefatter blandt andet det purløgsagtige engelskgræs, der dækker området med lysegrønne tæpper i foråret.
Officielt navngivet egeskov
Kongelunden er en af de få skove i Danmark, der officielt er blevet navngivet. Skovens historie dateres tilbage til 1800-tallet, hvor Det kongelige Danske Landshusholdningsselskab besluttede at tilplante området. Kongelunden er hovedsageligt kendetegnet ved egetræer iblandet en række andre træarter. I årenes løb er der blevet set mere end 300 forskellige fuglearter i og omkring Kongelunden.
Naturpleje ved hjælp af kreaturafgræsning
Områdets strandenge fungerer som vegetationszone, der er karakteristisk for åbne saltvandspåvirkede kyster. Dette ses blandt andet ved et stigende antal saltstående planter på strandengen. For at sikre naturområdernes fortsatte eksistens plejes naturen hovedsageligt af kreaturafgræsning.
Strækningen er endvidere kendt for den karakteristiske bevoksning af blandt andet hvidtjørn og vild kørvel, der bidrager til den smukke oplevelse af årstidernes vekslen.