Dyr
Der er en stor og stærk stamme af kronvildt i de forladte brunkulslejer, ligesom der også er en del råvildt og dåvildt.
Der er chance for at se og høre traner, når de går på træk i foråret og om efteråret. Tranerne begynder at yngle omkring april, og der kan man indimellem se de få midtjyske par, der strejfer rundt på marker, moser og kær for at søge føde.
Blandt andet ved Meldgård Sø er der isfugl, ligesom man kan være heldig at se havørn og fiskeørn.
Den vildtvoksende skov uden skovbrug skaber grobund for en rigdom af insekter.
Den sjældne vandnymfe Lille Blåpil er fundet her, fordi den foretrækker at yngle i surt vand. En art som man troede var uddød.
Planter
Surt sand og vand
Lejerne består i dag af lange, vandfyldte grave med dynger af opgravet sand på kanten – de såkaldte tipper. Foruden sand findes der rester af brunkul og mørkegråt ler med svovlkis kaldet klæg, der ved iltning frigiver svovlsyre.
Der kan stadig ske jordskred fra "tipperne", og området kan være risikabelt at færdes i. Flere af søerne har bræmmer af okker. Andre er så sure, at okkeren ikke udfældes – de er stort set uden liv.
Fyrreplantage og naturskov
Store arealer lå længe hen som vegetationsløse, ørkenlignende områder med lange kløfter, som regnvandet havde skabt. Hovedparten er plantet til med østrigsk fyr, skovfyr, bjergfyr og i særdeleshed Contorta-fyr – også kaldet klitfyr.
Contorta er kendetegnet ved at klare sig fantastisk på ubevoksede arealer – en såkaldt pionerplante.
Naturskov
Naturstyrelsen forventer, at der kommer ny skov med de arter, der er skabt til danske forhold, når Contorta-fyren dør. Contorta går til af sig selv efter 30-40 år og skal efter planen give plads til blandt andet eg, pil, røn, bøg, birk og asp.
Da det ikke er muligt at køre med tunge skovningsmaskiner på det porøse underlag i de gamle brunkulslejer – og for at fremme udviklingen frem mod en naturlig skov – bliver der ikke drevet egentligt skovbrug på statens arealer i Søby Brunkulslejer.
Træerne falder om af sig selv og får lov at rådne væk. Det skaber grobund for en spændende og varieret fauna med insekter og fugle.
Eg og bøg spredes naturligt blandt andet ved skovskadens hjælp, ligesom røn spredes med fuglene. Pil og birk spredes ved vindens og vandets hjælp.
Sjældne arter
I de sandede områder kan du finde den sjældne ulvefod. En karsporeplante, der strammer helt tilbage fra før tertiærtiden.
Ørkenarboretet
20-25 hektar forsøg med træarter under de allermest barske vilkår. Det er eksperimentet i ørkenarboretet, hvor man fra slutningen af 1950’erne til 1970 forsøgte at dyrke et utal af træarter fra hele verden. De fleste eksotiske planter og træer er gået ud. Men arter, der naturligt hører hjemme i dansk naturskov, har vist sig at trives. Det er blandt andet eg, bøg, birk, bævreasp, pil og røn.
Der er også rødeg og hybridasp.