3. Kirken
I 1641 – efter at Hirsholmene havde været beboet i knap halvanden hundrede år – blev kirken bygget. I dag står kirken tilbage som øens ældste bygning. Det var øernes daværende ejer Otto Skeel, som i 1634 fik kong Christian IV’s tilladelse til at bygge kirken. Det var sådan på det tidspunkt, at holmboerne måtte drage til Elling på fastlandet for at gå i kirke. Sejladsen til Elling var ikke ufarlig. Så alene derfor ønskede man en kirke og en præst på øen. Men det største problem var, at da det dengang ikke var helt ualmindeligt at spædbørn døde kort efter fødslen, oplevede forældre den sorg, at barnet ikke nåede at blive døbt. Historier fortæller endvidere, at der kunne gå flere uger, før præsten fra Elling kunne nå frem og begrave afdøde holmboere. Derfor blev der oprettet et såkaldt sognekald, en præsts embede, og Skeel ansøgte kongen om lov til at bygge en kirke.
Kirken i bindingsværk med stolper af egetræ, gjorde ikke meget væsen af sig. Udefra ligner den bare et hus. Senere blev kirken grundmuret og våbenhuset bygget til, men kirkerummet menes ikke at have været ændret siden Skeels tid. Imidlertid er kirkerummet forholdsvis stor. Man mener, at der var brug for den rigelige plads, fordi granithuggeriet på øen i flere hundrede år tiltrak mange arbejdere – og dermed mange kirkegængere.
Hirsholmene Kirke fik hverken tårn eller spir, men en smuk gammel sengotisk fløjaltertavle fra Flade Kirke – i guld, rødt og blåt. På altertavlen, der egentlig er katolsk, er alle tolv apostle fint udskåret. Og Judas er med, om end han er skåret ud i lidt dårligere træ end de andre. Her er også døbefont af træ og smukt dekoreret dåbsfad.
Fra loftet hænger meget detaljerede skibe, blandt andet en model af en af øernes første postbåde.
Man havde åbenbart meget stor vilje til at trække folk i kirke, også dem der ikke rigtig havde lyst. Bagest i lokalet, som rummer både skib og kor, er en bænk forhøjet. Her kunne lodserne sidde under gudstjenesterne og både lytte til præsten og ud gennem det sædvanligt store vindue holde øje med, om skibe på søen havde brug for deres hjælp.
I våbenhuset hænger en lille metalanordning, der kunne slås fast om et menneskes hals, så den, der ikke ville i kirke, kunne tvinges og holdes fast. I perioder var der tvungen kirkegang.
Våbenhuset er åbent på dage hvor færgen Seadog sejler og herfra kan man kigge gennem gitteret ind i kirken. Præsten fra Frederikshavn kommer til kirken og afholder gudstjeneste ca. 6 gange hver sommer.