Store Dyrehave indeholder flere søer og moser. Og især de sidste byder på et spændende og usædvanligt planteliv. Her kan du finde kæruld og kærmysse og de to kødædende planter soldug og blærerod.
Dele af skoven omkring Rågårds Mose er udpeget som urørt skov. Løvtræerne er de mest udbredte i Store Dyrehave, og bøgen er den mest fremtrædende. Men der er også mange nåletræer, og trævæksten er i det hele taget højst varieret alt efter typen af jordbund. Udover bøg finder man eg, ask, ahorn, el, pil , birk, gran og lærk. Især i Præstevang, der er den mest benyttede del af skoven, vil man bevare en stor del af gamle løvtræer. I Store Dyrehave vil der komme flere løvtræer på bekostning af nåletræerne. Samtidig vil der blive lidt flere lysåbne områder. De skal holdes åbne ved slåning eller ved græsning.