På Naturstyrelsen – Sønderjylland er der udpeget følgende NATURA 2000 områder:
Augustenborg Skov
- Bøgeskove på muldbund
- Egeskove og blandskove på mere eller mindre rig jordbund
Pamhule skov og Stevning Dam
- Næringsrige søer og vandhuller med flydeplanter eller store vandaks
- Vandløb med vandplanter
- Artsrige overdrev eller græsheder på mere eller mindre sur bund
- Næringsrige søer og vandhuller med flydeplanter eller store vandaks
- Vandløb med vandplanter
Artsrige overdrev eller græsheder på mere eller mindre sur bund - Rigkær
- Bøgeskove på muldbund
- Egeskove og blandskove på mere eller mindre rig jordbund
- Elle- og askeskove ved vandløb, søer og væld Rigkær
- Bøgeskove på muldbund
- Egeskove og blandskove på mere eller mindre rig jordbund
- Elle- og askeskove ved vandløb, søer og væld
Rinkenæs Skov, Dyrehaven og Rode Skov
- Stor vandsalamander - [Triturus cristatus]
- Næringsrige søer og vandhuller med flydeplanter eller store vandaks
- Nedbrudte højmoser med mulighed for naturlig gendannelse
- Bøgeskove på muldbund
- Egeskove og blandskove på mere eller mindre rig jordbund
- Skovbevoksede tørvemoser
- Elle- og askeskove ved vandløb, søer og væld
Frøslev Mose
- Brunvandede søer og vandhuller
- Tørre dværgbusksamfund (heder)
- Artsrige overdrev eller græsheder på mere eller mindre sur bund
- Nedbrudte højmoser med mulighed for naturlig gendannelse
- Stilkegeskove og -krat på mager sur bund
- Elle- og askeskove ved vandløb, søer og væld
Bolderslev Skov og Uge Skov
- Kalkrige søer og vandhuller med kransnålalger
- Næringsrige søer og vandhuller med flydeplanter eller store vandaks
- Bøgeskove på morbund med kristtorn
- Bøgeskove på muldbund
- Egeskove og blandskove på mere eller mindre rig jordbund
- Skovbevoksede tørvemoser
- Elle- og askeskove ved vandløb, søer og væld
- Stor vandsalamander - [Triturus cristatus]
Lilleskov og Troldsmose
- Flerårig vegetation på stenede strande
- Næringsrige søer og vandhuller med flydeplanter eller store vandaks
- Bøgeskove på muldbund
- Egeskove og blandskove på mere eller mindre rig jordbund
- Elle- og askeskove ved vandløb, søer og væld