Fugleliv
Fuglelivet er stærkt påvirket af forureningen. Der er således kun få svaner. Disse lever af bundplanter, men dem er der ikke mange af på den mørke søbund, som algerne forhindrer sollyset i at trænge ned til. Til gengæld ses mange måger, hejrer, skarver og hvis du er heldig fiskeørn og havørn.
I bredzonen er der et meget rigt men ofte skjult fugleliv med skægmejser, gæs, ænder, rørhøge, rørdrum, og blishøns. Om foråret høres gøgen, og om efteråret store flokke af svaler og stære, der overnatter i tagrørene.
Søen er EF-fuglebeskyttelsesområde for ynglende rørdrum, rørhøg og isfugl, samt for stor skallesluger, fiskeørn og havørn som trækgæst.
Havørnen har i 2009 slået sig ned i Nejede Vesterskov. Den ses nu dagligt jage over Arresø. I 2017 byggede endnu et havørnepar en rede i Auderød Skov.
I 2011 har Naturstyrelsen bygget en lang træbro gennem en ellers ufremkommelig ellesump og rørskov til en udsigtsplatform på kanten af søen.
Habitatområde
Søen er udlagt som EU-habitatområde og EF-fuglebeskyttelsesområde.