Urørt skov
Rude Skov blev i 2018 udlagt som urørt skov. Rude Skov har en stor andel af gamle træer og bevoksninger, fordi forvaltningen i mange årtier har lagt vægt på skovens bynære beliggenhed og rekreative brug. Der er stor variation i træarter og blandinger fra sted til sted i skoven, men store områder omkring Maglebjerg domineres af ældre bøgeskov. Løvskoven består udover bøg også af bl.a. eg, el, birk, røn, kirsebær, avnbøg, navr, ask og ær (ahorn).
Omkring 15% af skoven er nåletræ – primært rødgran med douglasgran, lærk og skovfyr. I løbet af de kommende år vil b.la. douglasgran og ær blive udfaset, og erstattet af hjemmehørende træarter, så biodiversiteten i skoven får bedre vilkår. De sidste tilplantede moser vil også blive ryddet og oversvømmet på ny, ligesom en del af den naturlige hydrologi inde i bevoksningerne genskabes ved at tilkaste udvalgte grøfter.
Rude skov er også udpeget som habitatområde nr. 267 i Natura 2000 områderne. Området er specielt udpeget for at beskytte de betydelige forekomster af naturtyperne bøg på mor og nedbrudt højmose.