Næsten en tredjedel af Søhøjlandet er dækket af skov. Løvskov vokser på steder, hvor terrænet har været vanskeligt at dyrke. På sandet jord og tidligere hedearealer er der nåleskove. I den vestlige del af området er der hede, hvor der blandt andet vokser enebær.
De stejle skrænter ned mod smeltevandsdalen med Julsø har flere kilder, der er fulde af okker. Det skyldes, at jordbunden i bakkerne er fulde af sand, ler og brunkul. De 20 millioner år gamle lag indeholder svovlkis, der gør, at kilderne bliver fulde af okker. Spillet mellem det grønne mos, det ræverøde okker og det klare vand giver et flot farvespil.
Der er tale om meget forskelligartet jord med udvasket sand i dale og på skrænter, mens jorden er mere leret i baglandet. Det giver gode betingelser for bøg og gran i Sønderskov og også eg omkring Himmelbjerget, hvor der i øvrigt også er lyng. Skoven omkring Slåensø drives ved plukhugst, hvor kun enkelttræer fældes. Skoven fornyr først og fremmest sig selv ved, at frø fra gamle træer sår sig selv. Formålet med plukhugst er at få en så naturmæssigt varieret skov som muligt – dvs. med træer i alle aldre, arter og størrelser. Samtidig er det ambitionen at producere kvalitetstræ. I dag er ædelgran vokset op mellem bøgetræerne, og man regner med, at bøgetræer om et par hundrede år vil begynde at spire op under ædelgranerne.
I Sønderskov finder man råvildt, kronvildt og dåvildt. Skoven har desuden et rigt fugleliv, og de gængse spættearter – sortspætte, grønspætte og flagspætte – kan opleves her. Musvåge, hvepsevåge og ravn kan ofte både ses og høres over engene. Særligt kan musvåger opleves over de mere åbne dele ved Høgdal og omkring Skovfogedstedet i Sønderskov. Isfugl og bjergvipstjert yngler ved Slåensø (hvor aborrer, skaller, knuder og gedder trives), og om vinteren kan man se vandstær ved Millingbæk og flere af de bække, der bruser gennem kløfterne fra højlandet og ned i dalene.
Slåensø er et af Danmarks bedste steder at opleve snoge. De dovner i solen på søens nordvestlige side store dele af sommeren og er ligeglade med mennesker. Ved Himmelbjerget er der også hugorme. Mere spektakulært er det nok, at Danmarks største edderkop – Dolomedes – holder til i området. Hunnen er større end hannen og kan blive op til 2,5 cm lang og har et benspænd på 5-6 cm. Den brune edderkop med gule striber holder normalt til i vandkanten af pytter og damme.
Det lyder måske umiddelbart drabeligt med slanger og edderkopper, men det farligste ved et besøg i skoven er fremdeles skovflåten og hvepsen.