Skovene
Det er interessant at se, hvordan skovenes karakter stadig er præget af istiderne. Groft sagt står nåletræerne i dalene og på skråningerne, mens løvtræerne står på de højt liggende plateauer.
Nordskov og Vesterskov er de to markante plateauer omgivet af erosionskløfter, der ligger mellem tunneldalene. Morænefladerne består af en forholdsvis næringsrig jordbund af sandblandet ler. Her er der gode betingelser for løvtræerne, hvor især bøg dominerer. I denne jordbund siver det meste regnvand ned, og skovene er derfor tørre med få moser og vandløb.
Skrænterne ned mod dalene er udvaskede og næringsfattige, og de er derfor domineret af nåleskov med skovfyr, rødgran, sitka m.fl. Ved udvaskningen er næringsstofferne endt i dalbunden, og det har betydet, at de fleste søer er naturligt næringsrige. Søer som Brassø og Borre Sø, der gennemstrømmes af Gudenå, er gødningsbelastet og har derfor mere begrænset naturindhold. Her er dog stadig et godt fiskeliv og Gudenå og søerne i Søhøjlandet er som helhed det område i Danmark med flest arter af ferskvandsfisk. De hyppigste er arter som aborre, gedde, skalle og brasen, men der er også sjældnere arter som heltling og smerling. Søer som fx Almind Sø og Slåensø, der kun er skabt af kilde- og regnvand, er endnu mere artsrige. Fx har Slåensø en artsrig flora af vandplanter, især arter af vandaks, men også bukkeblad, åkande, vandranunkel og blærerod.
Mod syd støder dalene med søer og å igen op til en større, højere-liggende moræneflade. De stejle skrænter er bevokset med skov: Rustrup Skov, Thorsø Bakker og Sønderskov. Fra morænefladen her sker der vandudsivning, og derfor indeholder skovene her mere våd natur i form af kilder, skovvandløb, moser og ellesumpe. I Sønderskov findes desuden flere markante erosionsrester med mere tør skovnatur - bl.a. den langstrakte bakkeryg Åsen i den østlige del af skoven.
Generelt er de talrige søer med til at lyse op i skovlandskabet, men ellers er der kun en meget lille del af området med lysåben natur.
Urørt skov i Silkeborgskovene
I områder med urørt skov laves der ikke egentlig skovdrift, men der kan fortsat laves tiltag til gavn for naturen og friluftslivet. I skovene omkring Silkeborg er der i dag allerede flere områder med urørt skov, og Knagerne i Vesterskoven, en 235 år gammel bøgeskov som har ligget urørt siden 1952, giver et fingerpeg om fremtidens urørte skove.
Inden udgangen af 2026 vil yderligere arealer i de danske statsskove overgå til urørt skov. I skovene omkring Silkeborg gælder det indtil videre hele Kobskov, Vejlbo Mose, centrale del af Vesterskoven, dele af Nordskoven (bl.a den gamle bøgeskov omkring Korsdalhuspladsen) samt den østligste del af Sønderskoven omkring Slåensø.
Læs mere om urørt skov på Naturstyrelsens hjemmeside