Naturstyrelsen laver også andre typer projekter og driftsaktiviteter for at forbedre natur og biodiversitet.
Naturstyrelsen er i gang med at gennemføre to store naturgenopretningsprojekter,som er en del af regeringsgrundlaget fra november 2016. Det drejer sig om Søborg Sø i Nordsjælland samt Ekkodalen på Bornholm.
Naturstyrelsen gennemfører desuden løbende naturforbedringer på statens naturarealer som en del af driften. F.eks. rydninger af uønsket opvækst på åbne naturarealer, afbrænding af hede mv. Naturplejen sikrer og forbedrer forskellige naturtyper, men den kan også være målrettet bestemte arter. Aktuelle større indsatser er beskrevet på denne side.